MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus CN1 plasmid

Total Repeats: 64

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022228	CAAA	2	8	10	17	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_022228	A	6	6	15	20	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022228	TAA	2	6	42	47	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022228	TTA	2	6	118	123	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	537462732
5	NC_022228	ATA	2	6	133	138	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	537462732
6	NC_022228	AAT	2	6	146	151	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	537462732
7	NC_022228	ATA	2	6	178	183	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	537462732
8	NC_022228	TTG	2	6	298	303	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	537462732
9	NC_022228	AT	3	6	334	339	50 %	50 %	0 %	0 %	537462732
10	NC_022228	ATA	2	6	411	416	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	537462732
11	NC_022228	TGA	2	6	443	448	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	537462732
12	NC_022228	ATTT	2	8	450	457	25 %	75 %	0 %	0 %	537462732
13	NC_022228	ATT	2	6	485	490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	537462732
14	NC_022228	ATT	2	6	512	517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	537462732
15	NC_022228	CCTAAA	2	12	576	587	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	537462732
16	NC_022228	A	7	7	617	623	100 %	0 %	0 %	0 %	537462732
17	NC_022228	CA	3	6	634	639	50 %	0 %	0 %	50 %	537462732
18	NC_022228	ATT	2	6	658	663	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	537462732
19	NC_022228	A	6	6	707	712	100 %	0 %	0 %	0 %	537462732
20	NC_022228	ATT	2	6	803	808	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	537462732
21	NC_022228	TAA	2	6	809	814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	537462732
22	NC_022228	T	6	6	868	873	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022228	CTT	2	6	903	908	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	537462733
24	NC_022228	TA	3	6	912	917	50 %	50 %	0 %	0 %	537462733
25	NC_022228	AGCGA	2	10	924	933	40 %	0 %	40 %	20 %	537462733
26	NC_022228	AGC	2	6	948	953	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	537462733
27	NC_022228	TA	3	6	1082	1087	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022228	AGA	2	6	1092	1097	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022228	GAT	2	6	1129	1134	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022228	TTTG	2	8	1150	1157	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022228	T	9	9	1205	1213	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022228	GAAA	2	8	1267	1274	75 %	0 %	25 %	0 %	537462734
33	NC_022228	GAA	2	6	1316	1321	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	537462734
34	NC_022228	AAAC	2	8	1358	1365	75 %	0 %	0 %	25 %	537462734
35	NC_022228	AT	3	6	1387	1392	50 %	50 %	0 %	0 %	537462734
36	NC_022228	TAA	2	6	1401	1406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	537462734
37	NC_022228	A	7	7	1429	1435	100 %	0 %	0 %	0 %	537462734
38	NC_022228	ACAAT	2	10	1479	1488	60 %	20 %	0 %	20 %	537462734
39	NC_022228	ACA	2	6	1496	1501	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	537462734
40	NC_022228	TAA	2	6	1542	1547	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	537462734
41	NC_022228	AGA	2	6	1564	1569	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	537462734
42	NC_022228	ACT	2	6	1618	1623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	537462734
43	NC_022228	CGA	2	6	1633	1638	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	537462734
44	NC_022228	CAAAAA	2	12	1640	1651	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	537462734
45	NC_022228	ATT	3	9	1719	1727	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	537462734
46	NC_022228	A	6	6	1770	1775	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022228	A	6	6	1921	1926	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022228	A	7	7	1934	1940	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022228	CAT	2	6	1942	1947	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_022228	TTGG	2	8	2009	2016	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022228	GT	3	6	2032	2037	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022228	CAAC	2	8	2080	2087	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_022228	AC	4	8	2106	2113	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_022228	CCAA	2	8	2120	2127	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_022228	A	7	7	2180	2186	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022228	AC	3	6	2199	2204	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_022228	CTTT	2	8	2277	2284	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_022228	T	6	6	2282	2287	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022228	A	7	7	2293	2299	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022228	TC	3	6	2313	2318	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_022228	AAT	2	6	2332	2337	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022228	TCA	2	6	2371	2376	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_022228	AGG	2	6	2423	2428	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022228	A	6	6	2429	2434	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.